L’histoire de Shafer commence dans les années 1880 lorsque Jacob Ohl et C.H. Linderman, pionniers de la Napa Valley, ont planté les premiers vignes. Pendant la Prohibition, c’est l’immigrant italien Batista Scansi qui replante des vignes et vend les raisins aux viticulteurs locaux. En 1972, John et Bett Shafer achètent la propriété et plantent du Cabernet Sauvignon quelques années après. Le premier Cabernet est commercialisé en 1978 et participe à la première vente aux enchères des vins de la Napa Valley. En 2004, Shafer devient le premier domaine de la Napa Valley et de Sonoma à produire 100% de ses propres besoins en électricité grâce à l’installation de panneaux solaires. Robert Parker a qualifié le domaine comme l’un des meilleurs établissements vinicoles du monde en 2003. Les vins de Shafer comme TD-9, One Point Five, et son vin de marque Hillside Select, se trouvent dans les caves des collectionneurs et également sur des cartes à vins dans les meilleurs hôtels et restaurants du monde entier.